Terdapat perbezaan di antara buku dan filem dan sebahagiannya amat jelas. Di antaranya ialah

• Watak Peeves, si hantu Poltergeist, Profesor Binns dan Pansy Parkinson dikeluarkan sama sekali.
• Harry sepatutnya tidak mengetahui yang Lord Voldemort membunuh ibubapanya selepas membeli tongkat ajaibnya.
• Harry sepatutnya kembali ke rumah keluarga Dursleys selepas kembali dari Diagon Alley dan terus ke Hogwarts Express.
• Harry tidak bertemu dengan Malfoy sehingga mereka ke Hogwarts sedangkan mereka patut bertemu di Diagon Alley lagi.
• Babak ketika dihotel dibuang.
• Di dalam buku, orang yang memberi Fluffy kepada Hagrid ialah orang Yunani, bukan orang Ireland.
• Harry, Ron dan Hermione menemui Fluffy ketika mereka sesat untuk pulang ke asrama tetapi di dalam buku, mereka ditipu Malfoy untuk keluar dari asrama pada waktu malam.
• Buku menunjukkan keluarga Harry yang lain di dalam Cermin Tasrah tetapi di dalam filem, hanya ibu bapanya.
• Ron menyertai Harry, Hermione, dan Draco ketika tahanan di Rimba Larangan, berbanding Neville.
• Pertahanan Quirrell dan Snape ke atas batu itu turut dikeluarkan.
• Ketika bersama sentora, hanya Firenze ditunjukkan. Watak Ronan dan Bane dipotong.
• Didalam buku, rakan Dudley Dursley, Piers Polkiss, turut bersama ke zoo